EHR server achitecture based on FHIR
- EHR Data: Hospital, Vunlenteer data.
- FHIR Server: Hapi Fhir
- DATABASE: PostgreSQL
- DICOM Server: Othanc
- Packages: fhirpy, sparc-me, Digitaltwins-api
- Environment: Docker, Python 3.9+
Initial Architecture Plan
Edit/modify it on here.
EHR Data Part
DigitalTWINS Plateform Part
Basic draft
ASCII Basic Layout
- Edit on here.
- If it is empty, copy and paste below code to
Asciiflowwebsite.
sh
+----------------------------------------------------------------------------------------------------+
| |
| DigitalTWINS platform |
| |
| |
| +-------------+ |
| | PostgreSQL | +--------------------+ |
| +------+------+ | | |
| | | | |
| Imageing +-----+----+ | Gen 3 | |
| +---------+ Study | HAPI | +------------+ | | |
| | Orthanc +-----------+ FHIR | | OMOP | | | |
| | Server | PACs | Server | | | +--------------------+ |
| +---------+ +---^--+---+ | Server | |
| | | +------+-----+ |
| | | | |
| | |Restful API | |
| | | | +--------------------+ |
| | | | | | |
| +---------------------------------+--v------------------------+-------+ | Other | |
| | Backend/DigitalTWIN API | | | | |
| | | | | Server ... | |
| | +-------------+ +-------------+ +-------------+ +-------+-----+ | | | |
| | | | | | | | | OMOP | | +--------------------+ |
| | | fhiypy | | sparc-me | | dgitialtwin | | python | | |
| | | | | | | api | | plugin | | |
| | +-------------+ +-------------+ +-------------+ +-------------+ | |
| | | |
| +---------------------------------------------------------------------+ |
| |
+----------------------------------------------------------------------------------------------------+
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Authentication Layer |
+---------------------------------------------------------------------------------------------------------------++
^ ^ |
| | |
| | |
| | |
| | |
+----------------------------------------+---------------+------------------------+---------+ | |
| +---------------+ | | | |
| | EHR Data | | | | |
| +---------------+ | | | |
| | | | |
| +----------+ | | | |
| | De iden- | De-identified | | | |
| +-----------+ +-----------+ | -tify.py | +-----------+ +------+-------+ | | |
| | | Export | FHIR | +----------+ | FHIR | | | | | |
| | Hospital +-------->| boudle +--+----------+->| boudle +-------->| | | | v
| | | | resource | | resource | | | | +----+------------------------+
| +-----------+ +-----------+ +-----------+ | | | | |
| | | | | |
| +----------+ | | | | 12L Portal APP |
| | FHIR | De-identified | SDS | | | |
| +-----------+ +-----------+ | mapping | +-----------+ | | | | / |
| | Study | Export | | +----------+ | FHIR | | Dataset | | | Other APPs |
| | RedCap +-------->| Raw Data +--+----------+->| boudle +-------->| | | | |
| | | | | | resource | | | | +-----------------------------+
| +-----------+ +-----------+ +-----------+ | | |
| +----------+ | | |
| | De iden- | De-identified | | |
| +-----------+ +-----------+ | -tify.py | +-----------+ | | |
| | Remote | Export | FHIR | +----------+ | FHIR | | | |
| | monitoring+-------->| boudle +--+----------+->| boudle +-------->| | |
| | data | | resource | | resource | +--------------+ |
| +-----------+ +-----------+ +-----------+ |
| |
| |
+-------------------------------------------------------------------------------------------+ +----------------------------------------------------------------------------------------------------+
| |
| DigitalTWINS platform |
| |
| |
| +-------------+ |
| | PostgreSQL | +--------------------+ |
| +------+------+ | | |
| | | | |
| Imageing +-----+----+ | Gen 3 | |
| +---------+ Study | HAPI | +------------+ | | |
| | Orthanc +-----------+ FHIR | | OMOP | | | |
| | Server | PACs | Server | | | +--------------------+ |
| +---------+ +---^--+---+ | Server | |
| | | +------+-----+ |
| | | | |
| | |Restful API | |
| | | | +--------------------+ |
| | | | | | |
| +---------------------------------+--v------------------------+-------+ | Other | |
| | Backend/DigitalTWIN API | | | | |
| | | | | Server ... | |
| | +-------------+ +-------------+ +-------------+ +-------+-----+ | | | |
| | | | | | | | | OMOP | | +--------------------+ |
| | | fhiypy | | sparc-me | | dgitialtwin | | python | | |
| | | | | | | api | | plugin | | |
| | +-------------+ +-------------+ +-------------+ +-------------+ | |
| | | |
| +---------------------------------------------------------------------+ |
| |
+----------------------------------------------------------------------------------------------------+
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Authentication Layer |
+---------------------------------------------------------------------------------------------------------------++
^ ^ |
| | |
| | |
| | |
| | |
+----------------------------------------+---------------+------------------------+---------+ | |
| +---------------+ | | | |
| | EHR Data | | | | |
| +---------------+ | | | |
| | | | |
| +----------+ | | | |
| | De iden- | De-identified | | | |
| +-----------+ +-----------+ | -tify.py | +-----------+ +------+-------+ | | |
| | | Export | FHIR | +----------+ | FHIR | | | | | |
| | Hospital +-------->| boudle +--+----------+->| boudle +-------->| | | | v
| | | | resource | | resource | | | | +----+------------------------+
| +-----------+ +-----------+ +-----------+ | | | | |
| | | | | |
| +----------+ | | | | 12L Portal APP |
| | FHIR | De-identified | SDS | | | |
| +-----------+ +-----------+ | mapping | +-----------+ | | | | / |
| | Study | Export | | +----------+ | FHIR | | Dataset | | | Other APPs |
| | RedCap +-------->| Raw Data +--+----------+->| boudle +-------->| | | | |
| | | | | | resource | | | | +-----------------------------+
| +-----------+ +-----------+ +-----------+ | | |
| +----------+ | | |
| | De iden- | De-identified | | |
| +-----------+ +-----------+ | -tify.py | +-----------+ | | |
| | Remote | Export | FHIR | +----------+ | FHIR | | | |
| | monitoring+-------->| boudle +--+----------+->| boudle +-------->| | |
| | data | | resource | | resource | +--------------+ |
| +-----------+ +-----------+ +-----------+ |
| |
| |
+-------------------------------------------------------------------------------------------+ASCII Extended Layout
sh
┌────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ │
│ DigitalTWINS platform │
│ │
│ │
│ ┌─────────────┐ │
│ │ PostgreSQL │ ┌────────────────────┐ │
│ └──────┬──────┘ │ │ │
│ │ │ │ │
│ Imageing ┌─────┴────┐ │ Gen 3 │ │
│ ┌─────────┐ Study │ HAPI │ ┌────────────┐ │ │ │
│ │ Orthanc ├───────────┤ FHIR │ │ OMOP │ │ │ │
│ │ Server │ PACs │ Server │ │ │ └────────────────────┘ │
│ └─────────┘ └───▲──┬───┘ │ Server │ │
│ │ │ └──────┬─────┘ │
│ │ │ │ │
│ │ │Restful API │ │
│ │ │ │ ┌────────────────────┐ │
│ │ │ │ │ │ │
│ ┌─────────────────────────────────┴──▼────────────────────────┼───────┐ │ Other │ │
│ │ Backend/DigitalTWIN API │ │ │ │ │
│ │ │ │ │ Server ... │ │
│ │ ┌─────────────┐ ┌─────────────┐ ┌─────────────┐ ┌───────┴─────┐ │ │ │ │
│ │ │ │ │ │ │ │ │ OMOP │ │ └────────────────────┘ │
│ │ │ fhiypy │ │ sparc-me │ │ dgitialtwin │ │ python │ │ │
│ │ │ │ │ │ │ api │ │ plugin │ │ │
│ │ └─────────────┘ └─────────────┘ └─────────────┘ └─────────────┘ │ │
│ │ │ │
│ └─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
└────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Authentication Layer │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬┘
▲ ▲ │
│ │ │
│ │ │
│ │ │
│ │ │
┌────────────────────────────────────────┬───────────────┬────────────────────────┼─────────┐ │ │
│ ├───────────────┤ │ │ │ │
│ │ EHR Data │ │ │ │ │
│ └───────────────┘ │ │ │ │
│ │ │ │ │
│ ┌──────────┐ │ │ │ │
│ │ De iden- │ De-identified │ │ │ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │ -tify.py │ ┌───────────┐ ┌──────┴───────┐ │ │ │
│ │ │ Export │ FHIR │ ├──────────┤ │ FHIR │ │ │ │ │ │
│ │ Hospital ├────────►│ boudle ├──┴──────────┴─►│ boudle ├────────►│ │ │ │ ▼
│ │ │ │ resource │ │ resource │ │ │ │ ┌────┴────────────────────────┐
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │ │ │ │ │
│ │ │ │ │ │
│ ┌──────────┐ │ │ │ │ 12L Portal APP │
│ │ FHIR │ De-identified │ SDS │ │ │ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │ mapping │ ┌───────────┐ │ │ │ │ / │
│ │ Study │ Export │ │ ├──────────┤ │ FHIR │ │ Dataset │ │ │ Other APPs │
│ │ RedCap ├────────►│ Raw Data ├──┴──────────┴─►│ boudle ├────────►│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ │ resource │ │ │ │ └─────────────────────────────┘
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │ │ │
│ ┌──────────┐ │ │ │
│ │ De iden- │ De-identified │ │ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │ -tify.py │ ┌───────────┐ │ │ │
│ │ Remote │ Export │ FHIR │ ├──────────┤ │ FHIR │ │ │ │
│ │ monitoring├────────►│ boudle ├──┴──────────┴─►│ boudle ├────────►│ │ │
│ │ data │ │ resource │ │ resource │ └──────────────┘ │
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │
│ │
│ │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ ┌────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ │
│ DigitalTWINS platform │
│ │
│ │
│ ┌─────────────┐ │
│ │ PostgreSQL │ ┌────────────────────┐ │
│ └──────┬──────┘ │ │ │
│ │ │ │ │
│ Imageing ┌─────┴────┐ │ Gen 3 │ │
│ ┌─────────┐ Study │ HAPI │ ┌────────────┐ │ │ │
│ │ Orthanc ├───────────┤ FHIR │ │ OMOP │ │ │ │
│ │ Server │ PACs │ Server │ │ │ └────────────────────┘ │
│ └─────────┘ └───▲──┬───┘ │ Server │ │
│ │ │ └──────┬─────┘ │
│ │ │ │ │
│ │ │Restful API │ │
│ │ │ │ ┌────────────────────┐ │
│ │ │ │ │ │ │
│ ┌─────────────────────────────────┴──▼────────────────────────┼───────┐ │ Other │ │
│ │ Backend/DigitalTWIN API │ │ │ │ │
│ │ │ │ │ Server ... │ │
│ │ ┌─────────────┐ ┌─────────────┐ ┌─────────────┐ ┌───────┴─────┐ │ │ │ │
│ │ │ │ │ │ │ │ │ OMOP │ │ └────────────────────┘ │
│ │ │ fhiypy │ │ sparc-me │ │ dgitialtwin │ │ python │ │ │
│ │ │ │ │ │ │ api │ │ plugin │ │ │
│ │ └─────────────┘ └─────────────┘ └─────────────┘ └─────────────┘ │ │
│ │ │ │
│ └─────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
└────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Authentication Layer │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬┘
▲ ▲ │
│ │ │
│ │ │
│ │ │
│ │ │
┌────────────────────────────────────────┬───────────────┬────────────────────────┼─────────┐ │ │
│ ├───────────────┤ │ │ │ │
│ │ EHR Data │ │ │ │ │
│ └───────────────┘ │ │ │ │
│ │ │ │ │
│ ┌──────────┐ │ │ │ │
│ │ De iden- │ De-identified │ │ │ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │ -tify.py │ ┌───────────┐ ┌──────┴───────┐ │ │ │
│ │ │ Export │ FHIR │ ├──────────┤ │ FHIR │ │ │ │ │ │
│ │ Hospital ├────────►│ boudle ├──┴──────────┴─►│ boudle ├────────►│ │ │ │ ▼
│ │ │ │ resource │ │ resource │ │ │ │ ┌────┴────────────────────────┐
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │ │ │ │ │
│ │ │ │ │ │
│ ┌──────────┐ │ │ │ │ 12L Portal APP │
│ │ FHIR │ De-identified │ SDS │ │ │ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │ mapping │ ┌───────────┐ │ │ │ │ / │
│ │ Study │ Export │ │ ├──────────┤ │ FHIR │ │ Dataset │ │ │ Other APPs │
│ │ RedCap ├────────►│ Raw Data ├──┴──────────┴─►│ boudle ├────────►│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ │ resource │ │ │ │ └─────────────────────────────┘
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │ │ │
│ ┌──────────┐ │ │ │
│ │ De iden- │ De-identified │ │ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │ -tify.py │ ┌───────────┐ │ │ │
│ │ Remote │ Export │ FHIR │ ├──────────┤ │ FHIR │ │ │ │
│ │ monitoring├────────►│ boudle ├──┴──────────┴─►│ boudle ├────────►│ │ │
│ │ data │ │ resource │ │ resource │ └──────────────┘ │
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │
│ │
│ │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘